根据《招标投标法》“第二十三条招标人对已发出的招标文件进行必要的澄清或者修改的，应当在招标文件要求提交投标文件截止时间至少十五日前，以书面形式通知所有招标文件收受人。该澄清或者修改的内容为招标文件的组成部分。”
招标代理机构是招标人的一部分，适用对招标人的规定。
因此如果擅自修改肯定是不对的。因为，招标代理机构并不是真正的招标人，也就是我们平时所说的业主，而且现在的招标项目多为政府项目，一般应由行业主管部门和当地招投标监督管理局来负责监管。
如需修改招标文件，应该就需要修改的内容由业主方与招标代理机构双方盖章后，交当地主管监督部门备案许可后，在网上公开发布澄清。
对于擅自变更招标文件的，轻则变更无效、重则招标项目或招标结果无效，甚至取消招标机构相关资质。
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